• 1. 川北医学院附属医院肝胆外二科/川北医学院附属医院肿瘤干细胞研究中心,川北医学院(四川南充 637000);
  • 2. 攀枝花市中西医结合医院肝胆科(四川攀枝花 617000);
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目的 通过对肝细胞癌关键基因的筛选从而探讨其在肝细胞癌中的临床意义及可能的潜在机制。方法 从 GEO 数据库中获取肝细胞癌基因芯片,通过 GEO2R 在线工具及 Venn 图筛选差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),利用生物学信息注释数据库(DAVID)进行 GO 分析和 KEGG 通路分析,应用 STRING 及 Cytscape 软件筛选出核心基因,将核心基因通过 Kaplan-Meier Plotter 数据库进行生存分析,再通过 GEPIA 数据库进行表达量分析,将与预后相关且在肝细胞癌中高表达的核心基因经基因富集分析在线工具 Metascape 进行功能及通路富集分析,最后将关键基因在所选取的临床病例的肝细胞癌及其癌旁组织中进行验证。结果 从 GEO 数据库获取了符合要求的 3 个基因芯片 GSE14520、GSE60502 和 GSE102079,共筛选出 DEGs 94 个。对筛选出的 DEGs 通过上述相应分析后,筛选出 19 个核心 DEGs,将 19 个核心 DEGs 通过 Kaplan-Meier Plotter 生存分析后,发现有 9 个基因即核糖核苷酸还原酶调节亚基 M2(RRM2)、多梳抑制复合物 1(PRC1)、DNA 拓扑异构酶Ⅱα(TOP2A)、极光激酶 A(AURKA)、核仁和纺锤体相关蛋白 1(NUSAP1)、Rac-GTPase 激活蛋白 1(RACGAP1)、纺锤体微管组装因子(ASPM)、细胞周期蛋白依赖性激酶 1(CDK1)和 GINS 复合体 1(GINS1)与肝细胞癌的预后相关(P<0.05)。将这 9 个基因通过 GEPIA 数据库进行表达量分析,结果 9 个基因均在肝细胞癌组织中高表达(P<0.05)。通过 Metascape 在线分析工具将 9 个高表达基因进行功能及通路富集分析。选取 RRM2 在肝细胞癌组织和癌旁组织中进行验证,发现 RRM2 在肝细胞癌组织中的染色评分为(10.9±1.5)分,明显高于其在癌旁组织中的染色评分 [(4.5±1.2)分],P<0.001。结论 通过生物信息学方法分析得出的 9 个基因可能是肝细胞癌发生发展的关键基因,可为进一步研究肝细胞癌的发生机制、诊断及治疗提供参考。

引用本文: 王何斌, 刘德钦, 杨茂辉, 应伟, 周国俊, 冯彦超, 钟晓蓉, 李文菠, 冷政伟. 应用生物信息学分析筛选肝细胞癌关键基因及表达验证. 中国普外基础与临床杂志, 2021, 28(6): 743-750. doi: 10.7507/1007-9424.202010071 复制

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