• 武汉大学中南医院武汉大学肝胆疾病研究院 武汉大学移植医学中心 移植医学技术湖北省重点实验室(武汉 430071);
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目的 采用生物信息学方法筛选在肝细胞癌中的异常表达基因,并分析其在肝癌中的临床意义及其可能的机制。方法 通过 GEO 数据库获取 GSE101728 基因芯片数据集,筛选差异基因;通过 STRING 和 Cytoscape 筛选出核心基因;利用 GEPIA 验证核心基因在肝癌组织中的表达及其临床意义,进一步利用 DAVID 进行 GO 分析及 KEGG 通路分析;通过 STRING 构建核心基因的 PPI 网络;运用 GEPIA 分析核心基因之间的相关性。结果 在分析 GSE101728 数据集后共得到 1 082 个差异基因,其中 354 个基因上调,728 个基因下调。10 个基因被鉴定为差异基因网络中的核心基因,分别为周期素依赖性激酶 1(CDK1)、细胞周期蛋白 B1(CCNB1)、细胞周期蛋白 A2(CCNA2)、polo 样激酶 1(PLK1)、激光激酶 B(AURKB)、细胞分裂周期蛋白 20(CDC20)、着丝粒蛋白 A(CENPA)、有丝分裂阻滞缺陷蛋白 2(MAD2L1)、细胞周期蛋白 B2(CCNB2)和驱动蛋白家族 2C(KIF2C)。GO 及 KEGG 通路分析表明,该 10 个核心基因与细胞分裂和细胞周期具有密切关系。AURKB、CCNB1 和 MAD2L1 3 个核心基因的表达具有正相关关系(P<0.05)。结论 通过生物信息学方法分析肝癌发生发展中的核心基因,能为进一步研究肝癌的发生机制提供一定的信息。

引用本文: 黄康, 彭贵主. 基于生物信息学分析肝细胞癌的核心基因. 中国普外基础与临床杂志, 2020, 27(11): 1357-1364. doi: 10.7507/1007-9424.202002087 复制

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